Life Science Section: Biological Related Section — Biostatistics, Bioinformatics, Environmental and Public Health – ACADEMIA SINICA DATA INFORMATION STATISTICAL COOPERATION CENTER

專長：
- - 遺傳與基因體統計、生物資訊
工具列表：
- - 微陣列生物晶片之混合型去氧核醣核酸實驗資料分析軟體 (MPDA)：MPDA 主要設計來分析以單一核苷酸多型性生物晶片所進行的混合去氧核醣核酸實驗所產生之資料。功能含括訊息的擷取、不等雜交放大率的定量、等位基因頻率的估計、單點與多點關聯性基因定位等等。（說明網頁）
- - 等位基因頻率與不等雜交放大率資料庫 (Databases of AF and CPA)：本資料庫提供了不同平台的單一核苷酸多型性生物晶片下，歐、亞、非人種的等位基因頻率與不等雜交放大率的資訊。可提供使用者在分析單一核苷酸生物晶片雜交強度和等位基因頻率時重要的訊息。（說明網頁）
- - 單一核苷酸多型性生物晶片品質監控軟體 (SAQC )：SAQC 主要設計來分析單一核苷酸多型性生物晶片所產生之基因型資料與雜交強度資料。可提供單一核苷酸生物晶片資料的呈現與品質檢驗。（說明網頁）
- - 同型合子分析軟體 (LOHAS)：LOHAS 主要設計來分析基因型資料。功能上可協助使用者定位基因體中與疾病相關的同型合子片段，也可協助找到族群中特有的同型合子區段。（說明網頁）
- - 生物標記尋找與樣本分群軟體 (BIASLESS)：BIASLESS主要設計來分析各類體學資料與臨床變數資料。功能上可協助使用者分析體學資料來找出重要可預測疾病的生物標記並進行預測。（說明網頁）
- - 數量性狀資料庫 (Program and databases of gene-based eQTL)：本資料庫提供了歐、亞、非人種的基因表現數量基因座的資訊。可提供使用者在完成全基因體關聯性研究之後，進一步探討所發現的重要單一核苷酸多型性是否會調控基因表現。（說明網頁）
- - 等位基因頻率、同型合子、等位不平衡與考倍數分析軟體 (ALICE)：ALICE主要設計來分析單一核苷酸多型性生物晶片所產生之基因型資料與雜交強度資料。可提供使用者進行全基因體等位基因頻率的估計，並可用以定位病人或是正常人的基因體中，同型合子、等位不平衡、考倍數變異所在的基因體片段。(說明網頁)
- - 統計代謝體分析軟體 (SMART)：SMART主要設計來分析質譜儀所產生之各種格式代謝體資料（原始檔案、質譜檔案、波峰數據檔案）。可提供使用者進行資料視覺化、波峰調整與註釋、資料前處理、品質管制、批次效果偵測、關聯性分析，最終找出重要的與疾病狀態、藥物代謝、臨床診斷、毒性反應、飲食營養等等相關的代謝物。（說明網頁）
- - 統整P值分析軟體 (OPATs)：OPATs主要設計來分析基因型資料或p-value資料。可提供使用者進行多位點的關聯性檢定來定位致病基因，找出與疾病相關的基因體片段、功能基因、生物反應路徑。（說明網頁）
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Research Fellow
Yen-Tsung Huang

- TEL: +886-2-2787-5685

- E-mail: ythuang@stat.sinica.edu.tw

- Website: Personal Website

工具列表：
- - 整合型基因體資料分析–假說檢定：使用變異數組成檢定，而發展出可整合多型態基因體資料之假說檢定（integrative genomic test using variance component test），可用於分析連續型性狀（continuous phenotypic traits，iGT-continuous [written in R] (Download)）、病例對照等二元型結果（binary traits，iGT-binary [R] Download）及存活結果（survival outcomes，iGT-survival [MATLAB] Download）。
- - 整合型基因體資料分析–估計：使用因果中介模型為基礎，而發展出可整合基因體資料（例如、DNA變異資料及基因mRNA表現資料）之全基因體相關性分析（integrative genome-wide association study, iGWAS [R] Download），除了可分析獨立個體資料，亦可分析家族型資料（iGWAS-family [R] Download）。此外，可進一步分析多基因組（gene set）、生物路徑或網絡（biological pathway or network）：iNOTE（integrated network omnibus total effect [R] Download），以了解其生物意義。
- - 因果中介分析（causal mediation analysis）：因果中介分析可探討危險因子是否透過中介因子而影響結果。單一中介因子分析已有既定軟體可使用，已開發之軟體可分析多個連續型中介因子及存活結果（multi-mediator model for survival data using Cox/Aalen/probit models, M3S-Cox, M3S-Aalen Download, M3S-probit [all in R] Download），及分析多個連續型中介因子及病例對照結果（multi-mediator model with continuous mediators with binary outcome, M3CB [R] Download）、多個二元型中介因子及病例對照結果（multi-mediator model with binary mediators and binary outcomes, M3B2 [R] Download）。
- - 多變量因果中介假說檢定：發展工具可檢定多變量中介效應（multi-mediator effect）及特定路徑效應（path-specific effect）：multi-mediation test using joint significance test, MMT-JT [R] Download。更發展出可在樣本數小於中介因子數目之檢定方法：multi-mediation test, MMT [R] Download。此外，亦可在大量假說檢定下進行多重檢定校正：mediation test under a composite null hypothesis, MT-Comp [R] Download，此工具可用於全基體資料分析等需要大量假設檢定的相關研究。
- - 工具變量分析（instrumental variable analysis）：工具變量分析於連續型及二元型結果已有許多既定分析工具，我們提供用於分析存活結果之工具變量分析（mendelian randomization using semiparametric transformation models）。
- 基因組分析（gene set analysis）：提供可分析基因表現資料及DNA套數資料之基因組分析（test for the effect of a gene set, TEGS Download; test for the effect of a gene set for copy number data, TEGS-CN Download）。提供在全基因體研究除了單一因子分析外，更可進一步探討基因組或生物路徑上的效應。
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